Departemen Agama RI bersama LIPI melalui keputusan Nomor 110 Tahun 1980 telah menetapkan apa yang kemudian dikenal sebagai Pembidangan Ilmu Agama Islam.Dalam amar keputusan tersebut dinyatakan bahwa area pembidangan ilmu agama Islam meliputi 8 (delapan) area utama:
- Sumber ajaran Islam;
- Pemikiran dasar Islam;
- Bahasa dan sastra Islam;
- Sejarah dan peradaban Islam;
- Pranata sosial Islam;
- Pendidikan Islam;
- Dakwah Islam; dan
- Perkembangan modern dalam Islam.
Dalam perkembangannya, pembidangan tersebut mengalami perubahan sesuai tuntutan masyarakat. Bidang kajian Islam PTAI selanjutnya dikelompokkan menjadi: (1) ilmu inti dan (2) ilmu bantu. Secara empiris, ilmu inti masih terdiri dari 8 (delapan) bidang ilmu yang telah disebutkan di atas dan dapat dikembangkan lebih lanjut sesuai hasil temuan baru. Ilmu bantu, terdiri dari ilmu-ilmu lain yang terkait seperti bahasa, sejarah, hukum, ekonomi, sosiologi, antropologi, psikologi, arkeologi, filologi, dan filsafat, yang diorientasikan dapat mendukung pengembangan ilmu inti. Ilmu bantu sebenarnya juga dapat ditingkatkan menjadi ilmu inti setelah mendapat dukungan epistemologis, kebutuhan pasar, dan SDM berkualitas yang memadai.
Salah satu ciri Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) adalah riset yang mampu mewujudkan kajian kritis bahkan inovatif dan menghasilkan sumbangan ilmu pengetahuan, baik sebagai pengembangan maupun penemuan baru. Untuk itu, ada 4 (empat) hal yang perlu dilakukan: (1) memaksimalkan pemanfaatan ilmu bantu untuk melakukan pemahaman-ulang (reinterpretasi) ajaran Islam; (2) mereposisi kedudukan beberapa ilmu yang disebut ilmu bantu dari segi metode pengajaran dan pengembangannya; (3) merekonstruksi yang diawali dengan dekonstruksi kajian Islam; (4) mengembangkan disiplin ilmu-ilmu keislaman.
Dari uraian di atas tampak dengan jelas bahwa research area atau wilayah riset FAI dan Jurusan/Prodi yang ada di dalamnya memiliki cakupan yang sangat luas dan sangat terbuka bagi pengembangan konsentrasi riset di masa depan. Berikut ditampilkan berbagai kemungkinan riset yang sangat terbuka (sebagai contoh), tanpa menutup kemungkinan pengembangan lebih jauh:
| JURUSAN/PROGRAM STUDI | RESEARCH AREA |
| Komunikasi dan Penyiaran Islam | Dakwah Islam lingkungan Persyarikatan Muhammadiyah; dakwah Islam berbasis IT; dakwah Islam di daerah-daerah minoritas Muslim dan terpencil |
| Pendidikan Agama Islam | Fundamentalisme, multikulturalisme dan liberalisme dalam pendidikan Islam; peran pesantren dalam mencerdaskan bangsa, metode pembelajaran aktif, kreatif, efektif dan menggembirakan; sistem pendidikan di lingkungan persyarikatan Muhammadiyah |
| Ekonomi dan Perbankan Islam | Peran lembaga perbankan Syari’ah dalam pemberdayaan ekonomi bangsa; transaksi-transaksi non syar’i di lembaga-lembaga perekonomian Syari’ah; lembaga-lembaga ekonomi Syari’ah di lingkungan Persyarikatan Muhammadiyah |