Berikut ini merupakan beberapa kerjasama dalam negeri atau nasional yang telah dilakukan oleh masing-masing program studi di Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, diantaranya:
1. Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam
2 Program Studi Pendidikan Agama Islam
- Madrasah Mu’allimaat Muhammadiyah Yogyakarta
- Madrasah Mu’allimiin Muhammadiyah Yogyakarta
- SMP Muhammadiyah 1 Yogyakarta
- SMP Muhammadiyah 2 Yogyakarta
- SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta
- SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta
- SMA Muhammadiyah 7 Yogyakarta
- SMA Muhammadiyah Bantul
- SMK Muhammadiyah Gamping
3 Programa Studi Ekonomi Syaraiah
- Majelis Diktilitbang Muhammadiyah
- Otoritas Jasa Keuangan (OJK)
- Bank Indonesia (BI)
- Bank Syariah Mandiri (BSM)
- Bank Muamalat
- BRI Syariah
- BNI Syariah
- Bank Mega Syariah
- BPD DIY Syariah
- Bank Aceh Syariah
- Asuransi Takaful
- BPRS Margi Rizki
- BPRS Madina
- BMT UMY
- BMT Bringharjo
- BMT Bina Ihsanul Fikri
- BMT Batik Mataram
- BMT Tumang Boyolali